فايل سيستم در يک سيستم عامل به ساختارکلي نامگذاري , ذخيره سازي و سازمان دهي فايل ها گفته ميشود.هر فايل سيستم از فايل ها , دايرکتوري ها يا فلدرها ,و اطلاعات لازم براي پيدا کردن و دستيابي به فايل ها تشکيل مي شود.اين واژه همچنين به قسمتي از يک سيستم عامل اطلاق ميشود که در خواست هاي يک برنامه کاربردي را براي انجام عمليات بر روي فايل ها به کارهاي سطح پايين و سکتورگرايي تبديل ميکند که راه اندازهاي کنترل کننده ديسک گرداننده ها قادر به تشخيص آنها مي باشند

انواع فايل سيستم رايج عبارتند از
FAT(FAT 16)
FAT32
NTFS

FAT)File Allocation Table)
يک ساختار داده اي است که داس (DOS) به هنگام فرمت شدن ديسک ايجاد ميکند.وقتي داس فايلي را در يک ديسک فرمت شده ايجاد ميکند , سيستم عامل اطلاعات مربوط به فايل ذخيره شده را در FAT نگه مي دارد تا داس (DOS) بتواند در آينده فايل را در صورت درخواست بازيابي نمايد
FAT به دو نوع FAT16 و FAT 32 موجود است که fat 16 به FAT معروف است
FAT تنها فايل سيستمي است که داس (DOS) ميتواند بکارببرد
داس و ويندوز از اين سيستم فايل حمايت مي کند
داراي file/folder level security نمي باشد

FAT32
نسخه بعد از 95 R2 از FAT32 حمايت ميکند
بيشترين سايزي که ميتوان براي اين سيستم فايل معين کرد 32 GB است
از file/folder level security حمايت ميکند

NTFS) New Technology File System)
فايل سيستم پيشرفته اي که خصوصا براي استفاده با سيستم عامل ويندوز NT طراحي شده است.
اين فايل سيستم از نام هاي طولاني براي فايل ها , کنترل امنيت دستيابي به فايل ها , ترميم فايل سيستم , ذخيره سازي در رسانه هاي بزرگ پشتيباني ميکند
اين فايل سيستم با فايل ها به گونه اي برخورد ميکند که گويي شي هايي هستند که با صفحات مشخصه کاربر و سيستم تعريف شده اند.اين امر امکان پشتيباني از برنامه هاي کاربردي شي گرا را فراهم ميکنند.

از ويندوز NT 4.0 به بعد را حمايت ميکنند.
بيشترين سازي که ميتوان براي اين سيستم فايل معين کنيم 16 EB است
از file or folder level security حمايت مي کند
از compression , Encryption , Disk Quota و Mounted Volums حمايت ميکند

File Level Security
به منظور حفاظت فايلها از کاربران غيرمجاز در ورود محلي جلوگيري به عمل مي آورد

Compression ( فشرده سازي )
فشرده سازي داده ها روشي براي کاهش فضا يا پهناي باند مورد نياز جهت ذخيره سازي يا انتقال بلوکي از داده ها , انتقال نمابر , ذخيره سازي و انتقال فايل مورد استفاده قرار ميگيرد

Encryption( رمز گذاري )
EFS) Encryption File System)
فرآيند کدبندي داده ها جهت جلوگيري از دستيابي غيرمجاز , به ويژه  در طي انتقال
رمزگذاري معمولا براساس يک يا چند کليد انجام مي شود که براي رمزکشايي , يا بازگرداندن داده ها به فرم نخست , ضروري هستند

Disk Quota
به منظور کنترل استفاده فضاي ديسک کاربران جعت ذخيره کردن فايل ها و پوشه ها در سرور بکار مي رود